Фамилия Баненас — редкий случай, когда на слух она звучит почти как русская, а на деле почти наверняка литовская или жемайтийская. В исконно русских фамилиях окончание -ас практически не встречается, зато это характерный признак литовской ономастики, особенно в мужском роде (ср. Будрайтис, Садаускас). Ударение, скорее всего, падает на первый слог: Ба́ненас.

Основа фамилии — «ба́ненас». В литовском языке слово banenas или близкое к нему не имеет ходового значения вроде «ремесло» или «животное». Скорее всего, это патроним, образованный от личного прозвища или имени Баненас, которое в свою очередь могло быть уменьшительной формой от христианского имени Бенедикт (лит. Benediktas) — через просторечное Баня, Банё. Такое сжатие (Бенедикт → Баня → Баненас) — нормальный процесс в народной этимологии, когда длинные имена укорачивали до двух-трёх слогов и добавляли суффикс -енас (уменьшительно-ласкательный или патронимический).

Есть и вторая версия, менее вероятная, но не исключённая: связь с литовским banas — «бан, господин, хозяин» (заимствование из славянского «пан» или немецкого Bann). Тогда Баненас могло означать «сын бана» или «маленький господин». Однако в литовских говорах banas — слово редкое, чаще употребляется ponas, так что эта гипотеза слабее.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку Литвы и приграничным районам Латвии, где встречаются похожие формы на -enas. В России, Беларуси и Польше носители Баненас — это, как правило, потомки литовцев, переселившихся в XIX—XX веках, или люди, чьи предки получили фамилию при паспортизации в западных губерниях Российской империи, где литовские окончания иногда русифицировали, но -ас сохранили.

Сословно предки Баненас могли быть крестьянами или мелкими шляхтичами-однодворцами — в Литве патронимы на -енас часто давали именно простым людям, а не знати. Встретить эту фамилию в боярских или дворянских списках практически невозможно.