Фамилия Барбаховская — типичный пример «географической» фамилии, образованной от названия населённого пункта. Её основа — топоним Барбахово или Барбахов, который, скорее всего, существовал на территории современных Польши, Беларуси или Украины. Модель с суффиксом -ск- указывает на происхождение из шляхетской или мещанской среды: в Речи Посполитой такие фамилии сначала закреплялись за дворянами, владевшими поместьем, а затем распространились среди крестьян и горожан, которые переселялись и получали прозвание по месту прежнего жительства.

Корень «Барбах-» неочевиден, и здесь есть две основные версии. Первая связывает его с личным именем Варфоломей (в просторечии Бартоломей, Бартош), которое через польское Bartoch или Bartach могло дать форму Барбах. Вторая версия — от прозвища Барбах, которое в южнорусских и украинских говорах могло означать человека с грубым, «барбаристым» голосом (от «барбарить» — бормотать, говорить невнятно). Менее вероятно, но возможно и тюркское влияние: «барбах» в некоторых тюркских языках — «пёстрый», «рябой», что могло быть прозвищем по внешности.

Окончание -ская (а не -ский) указывает на женскую форму фамилии, которая в русской традиции закрепилась за женщинами, а в польской — может относиться и к мужчине (например, пан Барбаховский). В польском варианте фамилия звучала бы как Barbachowski, а её носители, вероятно, были связаны с Мазовией или Подляшьем — регионами, где часты топонимы с суффиксом -ов. В Российской империи после разделов Польши фамилия могла писаться через «а» (Барбаховский) или «о» (Борбаховский) — это зависело от местного произношения и грамотности писарей.

Если искать аналоги, то в ономастике известны однокоренные фамилии Барбах, Барбахин, Барбашев. Все они, скорее всего, восходят к одному источнику — либо к имени Варфоломей, либо к прозвищу, данному по характерной черте поведения или внешности. Учитывая редкость фамилии, её носители — это, вероятно, потомки одной или нескольких семей, переселившихся из западнорусских земель в центральную Россию или Сибирь в XIX — начале XX века.