Фамилия Бардуханов — редкая и морфологически прозрачная, но с неочевидной корневой основой. Она образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: Бардухан — сын Бардухана. Значит, в основе лежит личное имя или прозвище Бардухан, которое и стало фамилией для потомков.

Корень здесь — Бардух. Самая вероятная версия связывает его с тюркскими языками. В них «бар» означает «есть, имеется», а «дух» (или «тух») может восходить к слову «туг» — «знамя, бунчук» (символ власти у кочевников). Тогда Бардухан — «имеющий знамя», то есть предводитель, военачальник, человек с высоким статусом. В пользу тюркского происхождения говорит и характерный суффикс -ан, который в тюркских именах часто образует личные имена (ср. Айтуган, Бектуган). Менее убедительна версия, выводящая имя из арабского «баррак» (благословенный) или иранского «бахт» (счастье) — эти корни не дают естественного сочетания «-дух». Фонетически форма «Бардух» выглядит как старое тюркское сложение, а не заимствование через ислам.

Географически фамилия Бардуханов тяготеет к регионам, где исторически смешивались тюркские и славянские традиции именования: это Северный Кавказ (особенно Дагестан, Чечня), Поволжье (татары, башкиры) и юг Западной Сибири. Встречается она и у русских, но, скорее всего, как результат обрусения фамилии выходцев из этих мест. Суффикс -ов вместо тюркского -лы, -улы или -оглы — верный признак того, что фамилию оформили уже в русской канцелярии при переписи населения или после крещения.

В сословном плане Бардухановы не были, как правило, дворянами. Это фамилия крестьян, казаков или мещан, получивших её по имени отца. Никаких известных исторических личностей с такой фамилией в открытых источниках не зафиксировано — она осталась в разряде локальных, семейных прозваний, не попавших в столичные родословные книги.