Фамилия Баргатина хранит память о происхождении человека, и у неё есть как минимум два возможных объяснения. Первое — географическое. Прозвище Баргатин могли дать выходцу из деревни Баргата в Дюртюлинском районе Башкортостана. Такая модель образования фамилий (по названию населённого пункта с помощью суффикса -ин) встречается часто: она прямо указывает, откуда родом человек или где жили его предки.

Второй вариант — тюркский. В основе фамилии может лежать имя Баргат, которое восходит к древнетюркскому слову «баркат» — «беркут». У тюркских народов было принято давать мальчикам имена, образованные от названий хищных птиц: считалось, что такая традиция передаёт ребёнку силу, смелость и зоркость. Имя Баргат — один из примеров этого обычая. Какая из двух версий верна для конкретного рода, без дополнительных генеалогических изысканий сказать сложно. Но обе они не противоречат друг другу: фамилия могла возникнуть и в тюркской, и в русской среде, а суффикс -ин в любом случае указывает на принадлежность («чей?» — Баргатин, то есть сын или потомок Баргата, либо человек из Баргаты).