Фамилия Башктов — редкий случай, когда фамилия на -ов образована не от имени или прозвища, а напрямую от этнонима. Основа здесь — «башкир», но с характерным для русской народной речи упрощением: выпадением «р» и редукцией гласных. Так «башкир» превращалось в «Башк(и)р», а в диалектах — в «Башкот» или «Башк(т)». Фамилия Башктов — это буквально «сын башкира» или «потомок башкира». Суффикс -ов указывает на принадлежность: чей? — Башктов.

Такая фамилия могла возникнуть в зонах активного русско-башкирского контакта: на Южном Урале, в Оренбуржье, в Заволжье. В XVI–XVIII веках, когда границы Российского государства отодвигались на восток, русские крестьяне, казаки и служилые люди селились рядом с башкирскими землями. Прозвище «Башкот» или «Башкир» могли дать человеку за внешность, говор или манеру одеваться, напоминающую башкирскую, либо за то, что он был выходцем из смешанной семьи или долго жил среди башкир.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения — это не массовая «географическая» фамилия вроде Поляков или Немцов, а скорее точечная, локальная. Встречается она и сегодня в Башкортостане, Челябинской и Оренбургской областях, но крайне редко. По переписям XIX века носители Башктовых были государственными крестьянами и однодворцами — то есть лично свободным, но податным сословием, которое несло рекрутскую повинность и платило оброк.

Есть и другая, менее вероятная версия: от тюркского имени Башкот (буквально «главный», «предводитель»), но тогда фамилия писалась бы скорее через «а» с ударением на втором слоге — Башкотов. Написание «Башктов» с тремя согласными подряд выдает именно русское бытовое произношение этнонима. Так что, скорее всего, предки носителя этой фамилии жили на границе двух миров — русского и башкирского, и память об этом осталась в фамилии.