Фамилия Батэнус — редкая, её происхождение неочевидно, и это как раз тот случай, когда на первый план выходит анализ суффикса. Окончание -ус сразу выдаёт искусственное, книжное происхождение. В русских фамилиях такой формант почти не встречается в крестьянской или купеческой среде, зато характерен для фамилий, которые давали в духовных училищах и семинариях. Священники, менявшие бытовые фамилии на более благозвучные, часто латинизировали основу, добавляя -ус, -ий, -ский. Так появились Бенедиктов, Аполлосов, а также фамилии от названий растений, городов или просто красивых латинских слов.

В основе Батэнус, скорее всего, лежит переделанное на латинский лад слово «батенька» или «батя». В семинарской среде было принято «облагороживать» просторечные прозвища: «Батя» превращался в «Батенькин» или, при желании придать фамилии вес, в «Батэнус». Суффикс -энус (вместо обычного -енус) встречается реже, но встречается — это мог быть результат индивидуальной записи или местного произношения.

Есть и другая, менее вероятная, версия: от географического названия. В Западной Беларуси и Польше существует топоним Батэ (Bacie), и фамилия могла возникнуть как Батэнский, а затем, при переходе в другую языковую среду, потерять -ский и получить латинизированное окончание. Но это уже сложная цепочка, которая требует документальных подтверждений, которых по этой фамилии нет.

Географически фамилия Батэнус встречается единично, в основном на территории бывшей Российской империи, в тех областях, где была развита сеть духовных училищ (например, в центральной России и на Украине). Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её искусственное, «семинарское» происхождение. Носитель фамилии Батэнус, скорее всего, потомок человека, чей отец (батенька) служил в церкви, или же самого семинариста, получившего фамилию при поступлении.