Фамилия Батуханова — женская форма мужской фамилии Батуханов. Её основа — имя или прозвище Батухан. Сразу бросается в глаза, что перед нами не самая привычная для русского уха модель: здесь нет типичного суффикса -ов или -ин, который присоединяется к основе на согласную. Фамилия образована напрямую от имени, а суффикс -ов добавлен к нему уже по русской словообразовательной модели, но само имя — явно восточного, скорее всего, тюркского происхождения.

Имя Батухан — составное. Первая часть, «Бату», восходит к монгольскому или тюркскому слову со значением «крепкий», «сильный», «могучий». В истории это имя известно прежде всего по Батыю (Бату-хану), внуку Чингисхана и основателю Золотой Орды. Вторая часть, «хан», — титул правителя. Таким образом, буквальное значение прозвища или имени — «крепкий хан» или «сильный правитель». Однако в бытовой ономастике такое имя могли дать не в честь исторического завоевателя, а как пожелание силы и власти ребёнку, либо как прозвище сильному и властному человеку.

Словообразовательная модель фамилии — отчество от имени Батухан с помощью русского патронимического суффикса -ов. Это типично для фамилий, которые закреплялись у народов, принявших русскую фамильную систему, но сохранивших национальные имена. В данном случае фамилия указывает на то, что предок носителя (вероятно, мужчина) был известен под именем или прозвищем Батухан. Фамилии на -ов от тюркских имён широко распространены у татар, башкир, казахов и других тюркоязычных народов, а также у народов Кавказа, принявших русскую модель.

Географически фамилия Батуханов (и её женская форма Батуханова) встречается преимущественно на Северном Кавказе, особенно в Дагестане и Чечне, а также среди татар и башкир. В этих регионах имя Бату (или Батухан) могло быть как личным именем, так и родовым прозвищем. Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном характере и, возможно, о происхождении от конкретного родоначальника, а не от массового прозвища.

Стоит отметить, что написание фамилии — через «а» в первом слоге (Батуханова) — закрепилось в русской орфографии, хотя в оригинале возможно произношение с «о» (Ботухан) или с твёрдым «т» (Бату-хан). Это результат адаптации тюркского имени к русской графике. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, такими как Батуев, Батиев, Ханбатуев, то Батуханова стоит особняком из-за полной формы имени-основы, включающей титул «хан».