Фамилия Бауетдинова — женская форма фамилии Бауетдинов. Она происходит от мужского личного имени Бауетдин, которое, как и многие мусульманские имена, имеет арабские корни и сложную структуру. Имя Бауетдин состоит из двух частей. Вторая часть, «дин», переводится с арабского как «религия» или «вера», это распространённый компонент в именах (ср. Нуртдин, Сафиуллин). Первая часть, «баует», предположительно восходит к арабскому слову «бауд», которое толкуют как «просветление» или «сияние». Если соединить обе части, именование Бауетдин можно понять как «свет веры» или «сияние религии».

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе имени Бауетдин добавили суффикс -ов (в женском роде — -ова). Такой способ — самый массовый для русских фамилий, но в случае с Бауетдиновой он указывает на то, что предок носителя фамилии был человеком по имени Бауетдин, а его дети и внуки стали писаться как «Бауетдиновы», то есть «потомки Бауетдина».

Процесс закрепления фамилий у разных народов и сословий шёл неравномерно. У татар, башкир и других тюркских народов, среди которых имя Бауетдин встречается чаще, фамилии на -ов/-ев массово появлялись после отмены крепостного права и в ходе переписей населения в XIX — начале XX века. Поэтому точное время возникновения фамилии Бауетдинова назвать сложно без обращения к конкретным метрическим книгам или ревизским сказкам.

В написании фамилии возможны варианты: Баутдинова или Бауэтдинова — это связано с особенностями передачи арабских и тюркских звуков через кириллицу. Однако корень остаётся тем же: имя-основа, которое дало фамилии Бауетдиновых и Бауетдиновых значение «принадлежащие к роду человека, несущего свет веры».