Фамилия Бауханова — женская форма мужской фамилии Бауханов, а та образована от прозвища или имени Баухан. Разбор редкий и неочевидный, поэтому сразу перейдём к двум основным версиям.

Первая и самая вероятная: основа «бау» — тюркская, от слова «бай» (богатый, господин) в диалектном произношении. В казахском, татарском, башкирском языках «бау» может означать «узы», «связь», но в составе имени чаще встречается как «бай». Суффикс «-хан» — классический тюркский титул (правитель, владыка). Получается Баухан — сложносоставное имя со значением «богатый хан» или «господин-правитель». Такие имена были распространены среди кочевых народов в XVI–XIX веках, особенно в среде знати или зажиточных скотоводов. Фамилия Баухановы, скорее всего, закрепилась за потомками человека, которого звали Баухан, уже после крещения или при переходе к оседлости.

Вторая версия, менее распространённая: корень «бау» может восходить к немецкому слову Bau (строение, постройка) или фамилии Bauhahn, но для русской фамилии с суффиксом «-ов» это маловероятно. Такое объяснение возникло бы, если бы носители были обрусевшими немцами, но тогда форма была бы Бауганов или Бауханов с другим ударением. Тюркская этимология куда правдоподобнее.

Суффикс «-ов» указывает на принадлежность: Бауханов — буквально «сын Баухана» или «из рода Баухана». Фамилия редкая, в основном встречается в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — регионах, где исторически смешивались тюркские и славянские традиции. По социальному происхождению предки могли быть либо крещёными татарами или башкирами, либо казахами, перешедшими в православие. Сословно — чаще крестьяне или казаки, реже купцы.

В написании стоит обратить внимание на ударение: в русском языке оно падает на второй слог (Бау́ханов), что типично для фамилий с тюркской основой. Если бы корень был немецким, ударение сместилось бы на первый слог (Ба́уханов). Это дополнительный аргумент в пользу тюркского происхождения.