Фамилия Баужанова — женская форма, а мужская, Баужанов, образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов. Этот суффикс указывает на принадлежность: буквально «сын Баужана» или «из семьи Баужана». Сама основа фамилии не славянская, а тюркская, что сразу определяет её происхождение.

Корень «Баужан» (или «Бау-жан») скорее всего сложный. Первая часть, «бау», в ряде тюркских языков (казахском, башкирском, татарском) может означать «связь», «узы», «верёвка» или «привязь». В переносном смысле — «привязанность», «родство». Вторая часть, «жан» (от персидского «джан»), означает «душа» или «жизнь». Таким образом, Баужан — это имя-пожелание со значением «душа, связанная с родом» или «родственная душа». Встречается и более простое толкование: «бау» как «сад» (в некоторых диалектах), тогда имя означает «сад души», что тоже звучит как благопожелание.

Фамилия редкая. Её география тяготеет к регионам с тюркским населением — Казахстан, Башкортостан, Татарстан, а также к югу России и Западной Сибири, куда в XIX–XX веках переселялись тюркские народы. Сословно предки Баужанова, скорее всего, были крестьянами или казахами-скотоводами, поскольку сложные имена с компонентом «жан» в прошлом были распространены именно в народной среде, а не среди знати.

Особенность фамилии в том, что она сохранила тюркскую основу в русской грамматической оболочке. Это типичный случай для фамилий, возникших в зоне межэтнических контактов: русские чиновники или писцы фиксировали тюркское имя отца (Баужан) и добавляли русский суффикс -ов, чтобы включить человека в систему паспортного учёта Российской империи. Сравните с однокоренными фамилиями: Баужанов — не единственная, есть ещё Баукин (от «бау» + уменьшительное -ка) или Баушев, где основа та же, но суффикс другой.