Фамилия Баякпаева — женская форма фамилии Баякпаев. Сама фамилия Баякпаев образована по типичной для тюркских народов модели: к личному имени или прозвищу добавляется русский патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягких основ). Это указывает на то, что фамилия закрепилась в среде, где русское делопроизводство фиксировало «сына такого-то»: Баякпай → Баякпаев.

Основа фамилии — имя Баякпай. Оно составное, распространённое у казахов и других тюркских народов. Первая часть «бай» (baj) в тюркских языках означает «богатый», «господин», «хозяин», а в составе имён часто передаёт пожелание достатка и уважения. Вторая часть «акпай» спорна. Наиболее вероятно, что это вариант имени Акпай, где «ак» — «белый», «чистый», «святой», а «пай» — «доля», «часть», «счастье». Таким образом, Баякпай можно перевести как «богатая доля» или «богатое счастье» — имя-пожелание.

Встречается и другая версия: «ак» как «течение», «поток» (например, в гидронимах типа Аксу — «белая вода»). Тогда Баякпай означал бы «богатый поток» — метафорическое прозвище для щедрого или влиятельного человека. Однако в ономастике составных имён с «ак» в значении «чистый/святой» гораздо больше, поэтому первая версия правдоподобнее.

Фамилия Баякпаева — яркий пример того, как тюркское личное имя, состоящее из двух корней-пожеланий, обрело русское окончание и стало наследственной фамилией. Её носительницы в основном встречаются в Казахстане и среди казахской диаспоры, реже — у соседних народов (каракалпаков, ногайцев), где употреблялись похожие антропонимы. Суффикс -ев, а не более редкий -ин, указывает на то, что фамилия оформлялась в канцеляриях Российской империи или СССР в XIX–XX веках, когда стандарт на -ов/-ев уже вытеснил старые формы.