Фамилия Байдуалиева образована по самой распространённой в русском языке модели — с суффиксом -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или на -й. В данном случае основа — Байдуали, а -а — это окончание женского рода. Мужской вариант фамилии — Байдуалиев. Сама основа явно тюркская, и здесь мы сталкиваемся с типичным для казахской, башкирской, татарской и других тюркских ономастик сложносоставным именем.

Имя Байдуали (или Байдуалы) распадается на две части: «бай» и «дуали». «Бай» в тюркских языках означает «богатый», «господин», «хозяин», а в составе имён часто несёт пожелание богатства и знатности. Вторая часть — «дуали» — это арабское имя Дуали (или Дуалитдин), которое восходит к арабскому «ду’а» — «молитва», «просьба к Богу». Таким образом, имя Байдуали можно перевести как «богатый (или господин) молитвой» или «тот, чья молитва богата (ценна)». Это теофорное имя, то есть имя, связанное с религиозным понятием, что характерно для мусульманских культур.

Фамилия Байдуалиева, скорее всего, происходит от отчества. В среде, где фамилии только начинали закрепляться (в XIX — начале XX века), отца семейства звали Байдуали. Его сыновья становились Байдуалиевыми, а дочери — Байдуалиевыми. Географически фамилия наиболее вероятна среди казахов (особенно в Западном Казахстане, где распространены имена с компонентом «бай»), а также среди башкир и татар. В русских документах такие фамилии фиксировались через суффикс -ев, а не через тюркский -улы или -кызы, что указывает на оформление по русскому административному образцу.

Любопытно, что фамилия Байдуалиева не имеет вариантов с суффиксом -ов (Байдуалов) — это говорит о том, что основа имени в момент записи уже звучала как Байдуали, а не как Байдуал. Встречается также написание Байдуалиев (с одним «и» в корне), что может быть следствием упрощения или диалектного произношения. В целом, фамилия редкая и хорошо сохранившая арабский религиозный компонент в тюркском имени, что делает её интересным примером культурного синтеза.