Фамилия Байдусов — пример того, как за внешне простым звучанием может скрываться неочевидная этимология. В ней сразу заметен патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Байдусов, то есть сын Байдуса). А вот с основой «Байдус» всё сложнее, и здесь у исследователей нет единого мнения.

Самая распространённая версия связывает основу с тюркскими языками. В них слово «бай» означает «богатый, господин, хозяин», а «дус» или «туз» — «друг, товарищ» или «ровня». Таким образом, Байдус могло быть прозвищем или дохристианским именем со значением «богатый друг» или «равный господину». Такие имена были распространены у тюркских народов и в среде татарской знати, а затем перешли в русскую ономастику через контакты, особенно в Поволжье и на южных рубежах. Фамилия Байдусов встречается в среде русских дворян и однодворцев, что косвенно подтверждает её «служилое» происхождение.

Менее правдоподобна, но всё же встречается в любительских генеалогиях версия, возводящая Байдусова к календарному имени Варфоломей (через просторечную форму Бахолдус или Байдус). Однако для такого перехода нет убедительных фонетических оснований — слишком далеко от «Варфоломея» до «Байдуса». Намного логичнее считать основу тюркским антропонимом.

Интересно, что фамилия Байдусов не имеет однокоренных «массовых» аналогов вроде Байдуков или Байдулин, что говорит о её относительно редком и локальном бытовании. Встречается она в основном в центральных областях России и в Поволжье, что совпадает с зонами активного русско-тюркского взаимодействия. Носитель фамилии с наибольшей вероятностью — потомок человека, которого в XVI–XVII веках прозвали Байдусом, возможно, за богатство или знатное происхождение, а может, и за характер — «господин-друг».