Фамилия Байгалтинова — одна из тех, что сразу выдают регион происхождения. Её основа — тюркское мужское имя Байгалти, которое состоит из двух частей: «бай» (богатый, знатный, господин) и «галти» — искажённая форма от «гали» или «али» (араб. «возвышенный», «великий», «могучий»). В сумме имя означает «богатый и великий» или «знатный господин». Такие составные имена с компонентом «бай» были широко распространены у башкир, татар, казахов и других тюркских народов: родители вкладывали в имя пожелание достатка и высокого положения.

Суффикс «-ова» указывает на женскую форму фамилии. Мужской вариант — Байгалтинов. Окончание «-ов» — классический русский патронимический формант, который в XIX–XX веках массово добавляли к тюркским фамилиям при переходе на русскую модель документооборота. Сама же основа «Байгалтин» образована от имени Байгалти с помощью суффикса «-ин», который в тюркских языках часто указывает на принадлежность: «сын Байгалти». То есть фамилия буквально означает «принадлежащий к роду Байгалти».

Географически фамилия Байгалтинова наиболее характерна для Башкортостана и соседних регионов Урало-Поволжья. Встречается она и у татар, но значительно реже. Среди башкирских фамилий этот тип — с тюркским именем и русским суффиксом — один из самых распространённых. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках можно найти варианты написания: Байгальтинов, Байгалтинов, иногда с буквой «ы» на конце (Байгалтины). Последнее — след старой русской формы множественного числа, обозначавшей целый род или семью.

Род занятий предков носителей этой фамилии, скорее всего, был связан с земледелием или скотоводством — типичными для башкирского крестьянства и войскового сословия. Знатный корень имени не стоит понимать буквально: «бай» в имени могло быть просто пожеланием, а не указанием на реальное богатство. Исключение составляют случаи, когда фамилия закрепилась за потомками местных старшин или зажиточных башкир, но это скорее исключение, чем правило.