Фамилия Байгужаева — одна из тех, где ключ к разгадке лежит в географическом и этническом контексте. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев, эта образована не от имени или прозвища, а от тюркского составного слова. Разбираем её по частям: «бай» (богатый, господин, хозяин) и «гужа» (или «кужа» — в разных диалектах). Вторая часть корня, скорее всего, восходит к тюркскому «күз» (глаз) или «көжә» (козёл, козлёнок), но с учётом фонетики башкирского и татарского языков наиболее вероятна версия с «күҙ» — глаз. Таким образом, исходное прозвище Байгужа могло означать «богатый глаз» — то есть зоркий, наблюдательный человек, либо «хозяйский глаз» — надсмотрщик, приказчик.

Суффикс -ева указывает на принадлежность к роду: буквально «дочь (или жена) Байгужи». Это патронимическая (по отцу) или матронимическая (по мужу) модель, типичная для русских фамилий, но основа здесь явно нерусская. Встречается фамилия преимущественно у башкир, татар и казахов, особенно в Оренбургской, Челябинской областях и Башкортостане. В документах XIX века Байгужины и Байгужевы фиксировались как тептяри и башкиры-вотчинники.

Мужская форма — Байгужаев, и её носители могли быть не просто скотоводами или земледельцами, а людьми с заметным положением в общине: «бай» в имени указывает на достаток или уважение. Спорных версий здесь немного: иногда ошибочно пытаются связать вторую часть с русским словом «ужас» или «ужи», но это лингвистически несостоятельно. Фамилия сохранила тюркскую семантику практически без искажений.