Фамилия Байкатова — женская форма фамилии Байкатов. В русской традиции такие фамилии принадлежали женщинам, но исторически образованы от мужского имени или прозвища.

Основа фамилии — «Байкат». Скорее всего, это тюркское прозвище или имя. Корень «бай» в тюркских языках означает «богатый», «господин», «хозяин». Вторая часть — «кат» — может восходить к слову со значением «слой», «ряд» или «твердый», «крепкий». Таким образом, Байкат — это «крепкий богач» или «знатный человек». Встречается и версия, что «кат» — это диалектное «кат» в значении «беда», «несчастье», и имя давали как оберег от злых сил. Но первое толкование правдоподобнее: имя Байкат встречается у татар, башкир и других тюркских народов как личное мужское имя.

Русский суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Байкатов, то есть сын или потомок Байката. Фамилия могла возникнуть в среде крещёных татар или башкир, а также в районах совместного проживания русских и тюркских народов — в Поволжье, Приуралье, Сибири. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном происхождении.

Интересно, что фамилия Байкатов звучит похоже на название озера Байкал, но прямой связи с ним нет. Байкал — слово другого корня (предположительно от якутского «байгал» — «море»), а Байкатов — от тюркского имени. Сходство случайное.

Предки современных Байкатовых, скорее всего, были крестьянами или служилыми людьми из тюркской среды, принявшими православие. Фамилия недворянская, массового распространения не получила. Встречается в единичных записях по Оренбургской, Уфимской и Тобольской губерниям.