Фамилия Байходжаева — яркий пример того, как русская письменность закрепила имя, рождённое в тюркской и арабской языковой среде. В её основе лежит составное имя Байходжа (Бай-Ходжа), которое распадается на две части. «Бай» в тюркских языках означает «богатый», «господин», «знатный». Вторая часть — «ходжа» (от арабского «хваджа») — почётный титул, которым на Востоке называли купцов, крупных землевладельцев, а также потомков пророка Мухаммеда или просто уважаемых, образованных людей. Таким образом, имя Байходжа в исходном значении — «знатный господин» или «богатый ходжа».

Фамилия образована по русской словообразовательной модели: к основе мужского имени Байходжа добавился суффикс -ев, который в русском языке указывает на принадлежность («чей?»). Затем появился типичный женский суффикс -а. Итоговая форма Байходжаева буквально означает «дочь (или жена) Байходжи». Мужской вариант фамилии — Байходжаев.

Географически фамилия уходит корнями в Среднюю Азию, прежде всего в Узбекистан и Таджикистан, где имена с компонентом «ходжа» были широко распространены. В Россию фамилия попала в советский период, когда представители народов региона активно мигрировали или получали паспорта с унифицированными русскими окончаниями. Носители фамилии в России сейчас живут в основном в крупных городах и регионах с исторически сложившимися диаспорами.

Стоит отметить, что в самой Средней Азии фамилии на -ев/-ова являются привнесённой, русифицированной формой. В узбекской или таджикской среде то же самое имя могло бы дать фамилию Байходжаев, Байходжазода (с персидским суффиксом «рождённый») или просто остаться отчеством без фамилии. Русский суффикс в данном случае — не признак происхождения, а маркер документальной фиксации имени в советской паспортной системе.

Разбирать фамилию по сословному признаку бессмысленно: она не говорит о дворянстве или крестьянстве в привычном для России смысле. Социальный статус предка был зашифрован в самом имени: «ходжа» — это почти всегда человек уважаемой профессии или знатного рода, но не обязательно аристократ по крови. Скорее всего, предки носителя фамилии были либо состоятельными торговцами, либо духовными лицами, либо просто уважаемыми старейшинами в своей общине.