Фамилия Баймагометов — яркий пример того, как русская модель фамилии (суффикс -ов) скрещивается с тюркским и арабским именником. Её основа — составное имя Баймагомет (или Бай-Магомет), где первая часть «бай» в тюркских языках означает «богатый», «господин», «уважаемый человек», а вторая — «Магомет» — арабское имя пророка Мухаммеда (в тюркской огласовке). Таким образом, имя Баймагомет переводится как «богатый (или господин) Магомет» — имя-пожелание, подчеркивающее статус и религиозную принадлежность.

Фамилия образована по типичной русской патронимической модели: к основе Баймагомет добавили суффикс -ов, указывающий на принадлежность («сын Баймагомета»). Такая гибридная форма — признак того, что предки носителя фамилии жили в регионе с сильным тюркским влиянием (Северный Кавказ, Поволжье, Приуралье) и приняли русскую фамильную систему после вхождения этих земель в состав Российской империи, чаще всего в XIX — начале XX века.

В отличие от многих фамилий, где суффикс -ов присоединяется к полному имени, здесь основа — сложносоставная, что делает фамилию редкой и легко узнаваемой. Географически фамилия Баймагометов наиболее характерна для народов Северного Кавказа: чеченцев, ингушей, кумыков, а также для татар и башкир. Встречаются варианты написания с одной «м» (Баймагометов) — это орфографическая норма, так как в русском языке двойные согласные в таких заимствованиях часто упрощаются.

Сословно предки Баймагометовых скорее всего относились к свободным общинникам или узденям (в горских обществах) — людям, имевшим авторитет и достаток, что и отражал компонент «бай» в их родовом имени. Фамилия не носила княжеского или дворянского оттенка, но указывала на уважаемый род. Встречается и вариант без русского суффикса — просто Баймагомет, что характерно для фамилий у некоторых народов Кавказа, но форма на -ов закрепилась именно в русскоязычной документации.