Фамилия Баймукашева образована от мужского тюркского имен Баймукаш. Как и большинство имен восточного происхождения, оно имеет сложную основу. Первая часть этого имени восходит к древне-арабскому слову «бай», которое в переводе на русский язык означает «хозяин, богатый, состоятельный, могущественный человек, господин». Вторая часть — Мукаш — представляет собой диалектный вариант арабского имени Мухаммет - «восхваляемый, прославляемый», «имя основателя исламской религии - пророка Мухаммета». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Баймукашевых можно лишь на основании генеалогических исследований.