Фамилия Байнатдинова — женская форма мужской фамилии Байнатдинов. Её основа — составное арабское имя Байнатдин, которое в исламской ономастике складывается из двух корней: «байан» (разъяснение, ясность, доказательство) и «дин» (вера, религия). В целом имя означает «разъяснение веры», «ясность религии» или «доказательство веры». Такие имена давали мальчикам в семьях, где подчёркивали религиозное знание или хотели, чтобы ребёнок стал богословом, проповедником.

Фамилия образована по русской патронимической модели с суффиксом -ов, который в Поволжье и на Урале часто присоединяли к тюркским и арабо-персидским именам. Байнатдинов — это буквально «сын Байнатдина». Женская форма Байнатдинова закрепилась в паспортной системе, когда отчества и фамилии стали записывать по общероссийским правилам. Такая модель характерна для татар, башкир, а также для некоторых народов Дагестана, где исламские имена легли в основу фамилий.

По географическому распространению фамилия Байнатдинова встречается в основном в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. Встречается и в среде кавказских народов, но там чаще используют вариант Байнатдинов. В архивных записях XIX века подобные фамилии почти не фиксировались: в среде татар и башкир фамилии массово закрепились только после 1917 года, а до этого человека называли по имени отца и деда.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ов от чисто русских имён, здесь суффикс присоединился к полной арабской основе, а не к сокращённой или русифицированной форме. Это говорит о том, что имя Байнатдин не утратило своего исходного значения в семье — его не переделывали в Байнат или Дин, а сохранили целиком. Сравните с однокоренными фамилиями Байназаров, Динмухаметов, где корни тоже арабские, но комбинируются иначе.

Других версий происхождения, кроме арабской, у этой фамилии нет: корень «бай» в тюркских языках (богатый) здесь не работает, так как вторая часть «натдин» не складывается в тюркское осмысленное сочетание. Так что предки носительницы фамилии — скорее всего, люди, чей родоначальник носил имя с религиозным значением, возможно, мулла или учитель медресе.