Фамилия Байнысанова — женская форма, мужской вариант — Байнысанов. В основе фамилии лежит мужское личное имя Байнысан, которое распространено у казахов, башкир, татар и других тюркских народов. Разбирать фамилию стоит не с корня, а с модели: она образована по типичному для русской традиции патронимическому суффиксу -ов/-ев, который добавлялся к тюркским именам при переходе в русскую документацию. То есть предок носителя фамилии звался Байнысаном, а его потомки стали Байнысановыми.

Само имя Байнысан — составное, двухкоренное. Первая часть «бай» в тюркских языках означает «богатый», «господин», «хозяин» (ср. казахское бай, татарское бай). Вторая часть «нысан» (или «нисан») восходит к арабскому слову «нисан» — «знак», «метка», «ориентир», а в переносном смысле — «цель», «мишень». В казахском и башкирском языках слово «нысан» также означает «знак», «символ», «примета». Таким образом, имя Байнысан можно перевести как «богатый знак» или «знатный знак» — скорее всего, так называли ребёнка с пожеланием, чтобы он стал заметным, удачливым, своего рода «меткой» удачи и достатка в роду.

С географической точки зрения фамилия Байнысанов/Байнысанова чаще всего встречается среди казахов Западного Казахстана, а также у татар и башкир. В русских переписях XIX — начала XX века такие фамилии фиксировались в Оренбургской, Астраханской губерниях, где было смешанное тюрко-славянское население. Род занятий предков мог быть любым: от скотовода до торговца или воина, так как имя не указывает на конкретное ремесло, а скорее на статус или пожелание.

В отличие от многих фамилий, где суффикс -ов/-ев присоединялся к уже бытовавшему в народе имени, здесь интересна адаптация арабского слова «нысан» через тюркское посредничество. Это показывает, как исламская культура, проникая в степи, давала имена с арабскими корнями, которые потом становились фамилиями в русской канцелярской традиции. Однокоренные фамилии — Байнысов, Нысанов, Байнысбаев — встречаются реже, но подтверждают продуктивность этой основы.

Споров о происхождении фамилии почти нет: тюркская основа и патронимический суффикс очевидны. Единственная неочевидность — значение слова «нысан»: в некоторых тюркских диалектах оно могло означать «месяц нисан» (апрель по сирийскому календарю), но в составе личного имени это маловероятно, так как в мусульманской традиции имена по месяцам нехарактерны. Версия с «знаком» или «целью» гораздо правдоподобнее.