Фамилия Байшаганова — женская форма фамилии Байшаганов, и её происхождение напрямую связано с тюркскими языками, скорее всего, с казахским или башкирским. Основа фамилии — личное имя или прозвище Байшаган. Разбираем его по составу: первая часть «бай» в тюркских языках означает «богатый», «господин», «хозяин», «уважаемый человек». Вторая часть «шаган» — более редкая и спорная. Самая вероятная версия: «шаган» — это диалектный вариант слова «шаған» (каз.), что переводится как «клен» или «кленовый». Таким образом, Байшаган может означать «богатый клен» или «господин-клен» — метафорическое прозвище, данное человеку за крепкое здоровье, развесистую фигуру или, возможно, за владение кленовой рощей.

Есть и другая, менее распространённая гипотеза: «шаган» может восходить к персидскому «шах» (царь) через тюркское посредничество. Тогда Байшаган — это «богатый царь» или «знатный правитель». Однако для кочевых тюркских обществ более органично звучит первая, «растительная» версия: прозвища по деревьям (Карагай — сосна, Шаган — клен) встречаются в ономастиконе чаще, чем прямые титулы.

Суффикс «-ов» в фамилии Байшаганов — типичный русский патронимический суффикс, который добавили при оформлении фамилии в документах Российской империи. Это указывает на то, что предок носительницы фамилии жил в регионе активного контакта тюркского и русского населения — скорее всего, на Южном Урале, в Оренбуржье или в Западном Казахстане, где в XIX — начале XX века шёл массовый учёт кочевого и полукочевого населения и тюркские имена адаптировали к русской модели.

Фамилия Байшаганова — редкая. Её носительницы чаще всего встречаются в Казахстане (особенно в Западно-Казахстанской и Атырауской областях) и в прилегающих регионах России (Оренбургская, Саратовская области). Социальный срез: предки, скорее всего, были скотоводами или мелкими родоправителями (баями), но не высшей знатью — фамилии на «бай» в тюркской среде были распространены очень широко и не свидетельствуют о княжеском титуле. Интересная деталь: в отличие от многих русских фамилий, которые закрепились за крестьянами после отмены крепостного права, Байшаганова — фамилия более позднего письменного оформления, часто фиксировавшаяся уже в советских паспортах 1930-х годов. Поэтому её написание могло варьироваться: встречаются варианты Байшаганов, Байшаганова, а иногда и более русифицированное Байшагановский.