Фамилия Байшоханова — редкая, и её разбор сразу упирается в вопрос: где ставить ударение и как членить основу. Первое, что бросается в глаза, — сочетание «бай» и «хан», два тюркских титула в одном корне. Скорее всего, перед нами составное имя или прозвище, которое затем оформилось в фамилию через русский суффикс -ов-.

Если разбить слово на части, получим: Бай-шо-хан-ова. «Бай» в тюркских языках означает «богатый, господин, знатный человек». «Хан» — верховный правитель, владыка. Серединный элемент «шо» (или «чо») — самый спорный. Он может быть редуцированной формой имени собственного (например, Шо — часть от Шохан, Шоахмет), либо диалектным огласовочным элементом, соединяющим два титула. Есть версия, что исходное имя звучало как Байшхан — стяжение от «бай» + «ишан» (духовный наставник в исламе). В этом случае «шо» — это искажённое «иш» при записи русскими чиновниками. Версия с ишаном кажется правдоподобнее: ишаны играли большую роль в Средней Азии и Поволжье, а фамилии от духовных титулов встречаются часто.

Основа Байшохан- плюс женский суффикс -ова указывает на то, что исходная мужская форма — Байшоханов. Фамилия образована по русской патронимической модели: сын Байшохана. Значит, предок носителя носил личное имя или прозвище Байшохан. Женская форма фамилии (на -а) в русской традиции закрепилась за дочерьми и жёнами.

Географически фамилия тяготеет к регионам с тюркским и исламским влиянием: Казахстан, Кыргызстан, Башкортостан, Татарстан, а также Северный Кавказ (особенно Дагестан, где титулы «хан» и «бек» входили в состав имён). В российских архивах фамилия встречается редко, что говорит о её локальном бытовании, возможно, в одной родовой ветви. Сословно предки могли быть из знати (отсюда «бай» и «хан»), но не обязательно высшей: «бай» часто давали зажиточным крестьянам или старшинам, а «хан» мог быть частью имени, а не реальным титулом.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Байханов, Байшаев, Байшоров — показывает, что вариант с «шо» уникален. Он не типичен для татарских или башкирских фамилий, где чаще встречается Байханов. Это либо результат местного говора, либо ошибка переписчика, которая закрепилась в документах. Если ошибка, то исходной формой мог быть Байханов, а «шо» появилось из-за того, что в устной речи имя произносили с придыханием и вставным гласным.

Таким образом, фамилия Байшоханова — это женская форма от мужской Байшоханов, образованной от составного имени со значением «богатый (или знатный) хан» или «бай-ишан». Носители фамилии, скорее всего, происходят из тюркоязычной среды, где в XIX веке при записи в метрики русские писцы зафиксировали местное произношение. Точное значение «шо» остаётся предметом гипотез, но связь с титулами «бай» и «хан» сомнений не вызывает.