Фамилия Байтханов — яркий представитель тюркского пласта в русском ономастиконе. Её основа восходит к сложносоставному имени Байтхан, которое в тюркских языках (прежде всего казахском, башкирском, татарском, ногайском) означает «богатый (или знатный) правитель» или «владыка-богач». Первая часть «бай» — «богатый, господин, хозяин», вторая «тхан» — тюркский титул, означающий «царь, государь, повелитель», восходящий к древнетюркскому «хан». Таким образом, имя Байтхан — это титул или пожелание, данное ребёнку как оберег на богатство и власть.

Русский суффикс -ов в фамилии Байтханов указывает на то, что фамилия оформлялась в русской языковой среде по стандартной модели «имя отца + -ов». Это типичная «патронимическая» фамилия: Байтханов — буквально «сын Байтхана» или «потомок Байтхана». Наличие суффикса -ов, а не, скажем, -ин или -ский, говорит о том, что фамилия закрепилась в среде, где русская административная и метрическая система записывала нерусские имена по образцу великорусских фамилий (например, Иванов, Петров). Это было характерно для крещёных или оседавших в русских губерниях татар, башкир, казахов и других тюркских народов.

Географически фамилия Байтханов наиболее частотна в регионах Поволжья (Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область) и на Северном Кавказе, особенно в Чечне и Ингушетии. У вайнахских народов (чеченцев, ингушей) имя Байтхан (или Байт-Хан) также встречается, но с несколько иной семантикой: «бай» здесь может осмысляться как «хозяин», а «тхан» — как «князь, правитель», образуя имя-пожелание знатности. Чеченская фамилия Байтханов, в отличие от татарской, могла образовываться не через русский патроним, а через вайнахский суффикс -ов, привнесённый русской письменностью.

Стоит отметить редкую орфографическую особенность: фамилия пишется через «т» (Байтханов), а не через «д» (Байдханов), хотя в живом произношении многих тюркских языков звонкий «д» перед «х» часто оглушается. Эта фиксация на письме выдает её книжное, официальное происхождение — запись делалась по буквам, а не на слух. Встречаются варианты написания Байтхан, Байтханов, но форма с -ов является основной для русского документооборота.

Таким образом, предки человека с фамилией Байтханов, скорее всего, были носителями имени-титула Байтхан, что указывает на их принадлежность к тюркской или кавказской знати, либо на желание родителей дать ребёнку имя, сулящее богатство и власть. Фамилия не древняя (в русском контексте ей не более 300–400 лет), но она наглядно отражает процессы взаимодействия русской и тюркской культур на окраинах империи.