Фамилия Бдожюдотии — один из тех редких случаев, когда написание почти полностью выдаёт происхождение. Перед нами не русская и не славянская фамилия в привычном словообразовательном смысле, а транслитерация литовской фамилии. В литовском языке она выглядела бы как Bdžiūdotis или Bdžiūdaitis (с возможными вариантами огласовки). Характерный суффикс -ot- или -ut- в сочетании с окончанием -is типичен для литовских фамилий, особенно в жемайтийском или аукштайтском ареалах. Русская передача закрепила редкое для восточнославянского уха стечение согласных «бдж» в начале, что и делает фамилию такой узнаваемой.

Основа фамилии, скорее всего, восходит к литовскому слову bdžiūti — «бодрствовать», «не спать», или к родственному budėti («дежурить», «караулить»). Таким образом, прозвище Бдюжюдотис мог получить человек, который нёс ночную стражу, сторожил скот или отличался особой бдительностью. В литовской ономастике фамилии от глаголов со значением «бодрствовать» не редкость, но форма с суффиксом -ot- указывает на активное действие или склонность к нему: «тот, кто постоянно бодрствует» или «сторож».

Географически фамилия тяготеет к историческим регионам Литвы, особенно к Жемайтии (Жмуди), где распространены фамилии с суффиксами -utis, -ytis, -ėnas. После присоединения западных губерний к Российской империи в конце XVIII — начале XIX века литовские фамилии массово русифицировались: окончание -is меняли на -ий или -ов, а корень записывали на слух. В случае с Бдожюдотисом адаптация сохранила исходное звучание почти без изменений, что говорит о поздней фиксации (возможно, в метриках XIX века) или о том, что носитель фамилии долго жил в среде, где литовский язык оставался основным.

В современной России фамилия встречается единично — это не массовая, а штучная фамилия. Её носители, скорее всего, потомки литовских крестьян или мелкой шляхты, которые переселились в центральные губернии или Сибирь в ходе аграрных реформ или после подавления восстаний 1831 и 1863 годов. Никакой другой этимологии — ни греческой, ни тюркской — у этой фамилии нет; попытки вывести её из «бдж» как звукоподражания или сокращения от «боже» лишены лингвистического смысла.