Фамилия Бефус — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение вызывает споры. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён или профессий, Бефус явно не вписывается в стандартные модели на -ов, -ин или -ский. Скорее всего, перед нами искусственная фамилия, возникшая в духовной среде — в семинариях, где будущим священникам и дьячкам часто давали звучные фамилии латинского или греческого происхождения.

Наиболее правдоподобная версия: Бефус — это латинизированная форма от греческого «бефос» (βέφος), что означает «дитя» или «младенец». В семинарских списках такие фамилии нередко давали воспитанникам с неясным происхождением или тем, кто отличался юным возрастом при поступлении. В пользу этой гипотезы говорит то, что фамилия встречается в основном в южнорусских и малороссийских губерниях, где влияние латинского языка в духовных училищах было особенно сильным. Вторая версия, менее убедительная, выводит Бефус из немецкого «Befuss» — возможно, искажённого «Befugnis» (право, полномочие), но никаких следов немецкой диаспоры с такой фамилией не обнаружено.

Если разбирать словообразовательную модель, то суффикс -ус явно указывает на латинский след. В русской традиции такие окончания типичны для семинарских фамилий: например, Астериус, Каструс, Магнус. Бефус стоит в том же ряду. При этом основа «беф-» в русском языке не имеет самостоятельного значения, что и подтверждает её заимствованный характер. Сословно носители фамилии почти наверняка относились к духовенству или к детям священнослужителей, получившим фамилию при поступлении в училище.

География бытования фамилии узкая. По данным переписей XIX века, Бефусы фиксировались в Черниговской, Полтавской и Харьковской губерниях. Встречаются также единичные записи в центральных губерниях, но это, скорее всего, результат переезда выпускников семинарий. В современной России фамилия остаётся крайне редкой — её носителей можно пересчитать по пальцам, и почти все они сосредоточены на юге страны.