Фамилия Бекинтис восходит к древнему литовскому имени Бекинт, состоящему из двух компонентов: «бе» и «кинт». Первая часть данного именования ведет свое начало от литовской отрицательной частице be со значением «без-/бес-». Вторая часть имени Бекинт образована от древнего литовского глагола kinta, то есть «преображаться, меняться». Таким образом, именование Бекинт можно трактовать как «неизменный», «постоянный». Вероятно, родители назвали сына именем Бекинт, желая, чтобы был верен родовым традициям и обычаям.