Фамилия Бекходжаев — яркий пример тюркско-персидского антропонимического сплава, характерного для Средней Азии. Её основа составная: «бек» (в тюркских языках — господин, князь, предводитель) и «ходжа» (от персидского خواجه — господин, хозяин, а также почётный титул для потомков пророка Мухаммеда или уважаемых учителей). Сложение двух титулов давало значение «господин из господ» или «князь-наставник» — подчёркнуто высокий статус.

Русский суффикс -ев в конце — это адаптация при закреплении фамилии в документах Российской империи. По модели «Бекходжа + ев» фамилия указывала на принадлежность: «сын Бекходжи». Без суффикса исходная форма Бекходжа бытовала как личное имя или прозвище, которое давали человеку знатного происхождения, занимавшему духовную или учительскую должность.

Географически фамилия почти полностью привязана к Узбекистану, особенно к Ташкентской, Самаркандской и Ферганской областям. Встречается она и среди казахов, но реже — в южных регионах. В русских переписях XIX — начала XX века Бекходжаевы фиксировались в основном среди оседлого населения Туркестана, чаще в купеческом или духовном сословии, реже — среди крестьян-дехкан.

Интересная деталь: двойной титул в имени — случай не единичный, но довольно редкий. Обычно «бек» или «ходжа» использовались по отдельности. Сочетание же могло возникнуть либо при рождении в семье, где оба титула были наследственными, либо как почётное прозвище, данное за заслуги. В любом случае, предки современного носителя фамилии, скорее всего, занимали заметное положение в своей общине — были землевладельцами, религиозными деятелями или старшинами.