Фамилия Бекмерзанов — редкий пример сложения тюркского титула и арабского имени, что сразу указывает на её происхождение в среде, где смешивались степные и исламские традиции. Основа фамилии — составное имя Бекмерза (или Бек-Мерза), где первая часть «бек» (тюрк. «господин», «князь», «начальник») была широко распространена у народов Поволжья, Кавказа и Средней Азии, а вторая — «мерза» — искажённая форма арабского имени Муртаза (от «муртада» — «избранный», «довольный»; один из эпитетов халифа Али). Такое сращение титула с именем — характерная тюрко-мусульманская модель: она фиксирует социальный статус (человек из рода беков) и религиозную принадлежность через имя, почитаемое у шиитов и суннитов.

Русский суффикс -ов в фамилии Бекмерзанов — стандартный способ адаптации иноязычных имён в XIX веке, когда оформилась основная масса фамилий у татар, башкир, кумыков и других народов, входивших в состав Российской империи. Это значит, что предок носителя фамилии, скорее всего, был крещён или числился в податных сословиях, где требовалась фамилия по отцу: «Бекмерзанов» буквально означает «сын Бекмерзы». Судя по модели, фамилия могла возникнуть в среде служилых татар или горских народов, где титул «бек» сохранял реальное значение до XIX века, а имя Муртаза было распространено у кумыков, чеченцев и ногайцев.

Географически фамилия тяготеет к Северному Кавказу и Поволжью. У кумыков и ногайцев форма «Мерза» (или «Мирза») встречается как вариант имени, и сочетание «Бек-Мерза» могло быть двучленным именем-прозвищем для сына бека. В русских документах фамилия фиксируется в Дагестане и Чечне, реже — у татар-мишарей. Примечательно, что в тюркских языках существует омонимичная форма «бекмерза» — так могли называть человека, который по рождению был из знати (бек), но по положению или характеру напоминал простого мирзу (писаря или мелкого чиновника). Это придаёт фамилии оттенок иронии или социального контраста, хотя основная версия — патроним от имени.

Написание фамилии устойчиво, но в дореволюционных метриках встречаются варианты Бекмерзин, Бек-Мерзанов и Бекмерзаев. Последний вариант — с тюркским суффиксом принадлежности -ев — указывает на более раннюю фиксацию, до русификации фамилий. В целом Бекмерзанов — нечастая фамилия, её носители, вероятно, происходят из одного или нескольких родов, связанных с северокавказскими обществами, где память о титуле «бек» сохранялась вплоть до XX века.