Фамилия Беконкова — женская форма фамилии Беконков, и её происхождение неочевидно: она не входит в число распространённых русских фамилий, образованных от крестильных имён или названий ремёсел. Скорее всего, в основе лежит прозвище или мирское имя, связанное с диалектным словом.

Наиболее правдоподобная версия отсылает к северным и сибирским говорам, где «беконя» или «беконь» могли называть человека медлительного, вялого или, наоборот, упрямого. В словаре Владимира Даля зафиксировано слово «бекон» в значении «копчёная свиная грудинка», но это заимствование из английского (bacon) появилось в русском языке довольно поздно — в XIX веке, когда массовые фамилии уже сложились. Поэтому связывать Беконковых с торговлей мясом или скотоводством можно лишь как маловероятную гипотезу: фамилия могла возникнуть в крестьянской среде намного раньше, чем английское слово вошло в обиход.

Суффикс -ов- в мужской форме Беконков указывает на типичную модель патронимической фамилии, то есть на принадлежность к роду человека по прозвищу Бекон. Если же предположить, что основа — не прозвище, а искажённое какое-либо имя (например, тюркское Бек, что значит «князь, господин», с добавлением русского суффикса -онк-), то это редкий случай гибридного образования. Однако для фамилии Беконков нет убедительных данных о тюркском влиянии, и версия с диалектным прозвищем выглядит проще и логичнее.

Географически фамилия встречается в основном в центральных и северных областях России, но не массово. Встречаются варианты написания с одной «н» (Бекоков) или с ударением на второй слог, но это уже результат поздней канцелярской записи. Таким образом, носительница фамилии Беконкова может предполагать, что её предок получил прозвище за характер — возможно, за медлительность или спокойный нрав.