Фамилия Бекшуйнова — женская форма от мужской фамилии Бекшуйнов, и её разбор стоит начать с самого редкого и трудноопределимого компонента: второй части «-шуйнов». Если первая часть «бек» (тюркское «князь», «господин», «начальник») указывает на социальный статус предка, то вторая часть заставляет задуматься. Скорее всего, в основе лежит прозвище или имя Шуйна, которое могло быть диалектным вариантом слова «шуйный» — в древнерусских говорах «шуйца» означала «левая рука», а «шуйный» — «левый». В переносном смысле такое прозвище давали левше или человеку, который делал всё «не с той руки», то есть неловко или наперекор. В сочетании с «бек» (Бекшуйна) имя могло означать «левша-князь» или «господин, который левша» — прозвище, закреплявшее за человеком его особенность, возможно, данное с иронией.

Модель образования типична для русских фамилий тюркского происхождения: основа (Бекшуйн) + патронимический суффикс -ов (притяжательное значение «чей?» — сын Бекшуйны). Суффикс -ин в этом случае был бы менее вероятен, так как основа оканчивается на согласный, а не на -а/-я, хотя в разговорной речи встречаются колебания. Фамилия могла сложиться в среде служилых татар или башкир, перешедших на русскую службу и получивших земельные наделы, — в таких семьях тюркское имя или прозвище «обрусевало» через добавление русского суффинкса. Встречается фамилия преимущественно в регионах Поволжья и Урала, где исторически было сильное татаро-башкирское влияние и активная христианизация с заменой мусульманских имён на русские патронимы.

Менее вероятна, но возможна версия, что «шуйна» восходит к тюркскому корню со значением «вода» или «река» (ср. чувашское «шу» — вода), но в таком случае форма «Бекшуйнов» означала бы «сын водного князя» — что звучит как явное прозвище, а не родовое имя. Однако эта гипотеза слабее, потому что в тюркских языках сочетание «бек» с водным корнем не зафиксировано в антропонимии как устойчивая модель, в отличие от многочисленных имён типа Бекбулат, Бекмурза. Поэтому версия с «левым» — основная.

В целом, фамилия Бекшуйнова — яркий пример того, как тюркский титул и русское диалектное прозвище слились в один патроним, указывающий на смешанное этническое происхождение и, вероятно, на небогатый служилый слой, где индивидуальные особенности (вроде левшества) становились основой для фамильного прозвания.