Фамилия Бекжонов — редкий пример тюркско-славянского гибрида, который сразу выдаёт регион происхождения: скорее всего, юг Казахстана, Узбекистан или Киргизия, где в XIX–XX веках фиксировали фамилии по русской модели. Основа «Бекжон» — это мужское имя, распространённое у тюркских народов. Оно составное: «бек» (князь, господин, военачальник) и «жон» (вариант «джан» — душа, жизнь). Вместе получается что-то вроде «господин-душа» или «дорогой как жизнь», что типично для восточных имён-комплиментов.

Русский суффикс -ов превратил личное имя в фамилию. Это стандартная колониальная практика: при переписях и паспортизации в Российской империи местным жителям часто давали фамилии по отцу, прибавляя славянское окончание. В отличие от исконно русских фамилий на -ов, где основа — прозвище или профессия, здесь основа — готовое личное имя, которое не переводится как «сын Бека». Бекжонов буквально значит «из рода Бекжона».

Интересная деталь: двойное «о» в суффиксе (Бекжонов, а не Бекжонов) не случайно. В тюркских языках имя Бекжон часто записывают через «о» (Бекжон), и при русификации его не редуцировали до «е». Если бы фамилия оформлялась раньше, в XIX веке, её могли записать как Бекжанов — через «а», под влиянием произношения. Вариант «Бекжонов» закрепился, вероятно, в советских паспортах, когда старались сохранить оригинальное написание имени.

Носителей фамилии относительно немного, и они сосредоточены в Средней Азии и среди диаспоры в России. Социальный состав предков — скорее всего, оседлые земледельцы или торговцы, а не кочевая знать, потому что «бек» в имени к XX веку уже утратил реальный аристократический статус и стал просто популярным компонентом. Однокоренные фамилии — Бекжанов, Бекмуратов, Жонов — встречаются чаще, а Бекжонов остаётся более локальной и менее распространённой.