Фамилия Беногонян — армянская по происхождению. Она образована по типичной для армянских фамилий модели с суффиксом -ян (вариант -янц), который означает принадлежность к роду или происхождение. В русской традиции закрепилась форма на -ян, так как она проще в произношении и склонении.

Основа фамилии — слово «Беногон» (арм. Բենողոն). Это имя или прозвище, которое, скорее всего, связано с корнем «бен» (арм. բեն) — «гнездо», «логово», или с топонимом Беног (название местности или села). В армянской ономастике распространены фамилии, образованные от названий мест, где жил род. Например, фамилия Беногонян могла указывать на то, что предки были выходцами из села Беног или местности, называемой Беног. Точная этимология сложна, так как слово «Беногон» не является распространённым личным именем в современном армянском языке, но могло быть прозвищем, данным по месту жительства или роду занятий.

Вторая версия, менее вероятная, связывает основу с греческим или персидским влиянием. В греческом есть слово «бенос» (βένος) — «род», «племя», но в армянском языке оно не закрепилось. Если бы фамилия происходила от греческого, она скорее имела бы окончание -пулос или -идис. Поэтому версия с армянским топонимом или прозвищем от «гнезда» (как символа рода) выглядит убедительнее.

Фамилия Беногонян не входит в число самых массовых армянских фамилий, таких как Петросян или Арутюнян. Она встречается в основном среди армянских общин, в том числе в России, Армении и диаспоре. Носители фамилии, вероятно, происходят из одного родового гнезда, что характерно для фамилий на -ян с редкой основой. Сословная принадлежность предков неясна: в армянской среде фамилии на -ян носили и крестьяне, и ремесленники, и духовенство. Если основа действительно связана с местностью, то предки могли быть земледельцами или скотоводами, жившими в определённом регионе.

В русском языке фамилия Беногонян склоняется по правилам мужских и женских фамилий на -ян: мужская — Иван Беногонян, Ивана Беногоняна; женская — Анна Беногонян, Анны Беногонян (не склоняется). В армянском оригинале ударение падает на последний слог — Беногоня́н, что сохраняется и в русском произношении.