Фамилия Бербушенко звучит как украинская, и её строение это подтверждает: суффикс -енко, характерный для восточноукраинских фамилий, указывает на «малого» или «потомка» человека по прозвищу Бербуш. В основе лежит прозвище, а не христианское имя, что типично для поздних фамилий, сложившихся в среде казачества и крестьянства в XVII–XVIII веках.

Корень «берб-» в украинских и южнорусских говорах неоднозначен. Самая вероятная версия — связь с диалектным глаголом «бербе́кати» или «бербе́нькати», то есть говорить невнятно, бормотать, болтать без умолку. Прозвище Бербуш могли дать человеку с быстрой, сбивчивой речью или тому, кто постоянно ворчал. Менее распространённая версия отсылает к слову «бербі́т» — в некоторых говорах так называли репейник или колючую траву; в этом случае прозвище могло относиться к приставучему, назойливому человеку. Третья гипотеза — заимствование из тюркских языков, где «berbe» означает «дающий, щедрый», но для украинской ойкумены такое объяснение менее органично.

Суффикс -уш- в основе (Бербуш) — уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный, он превращает корень в личное прозвище. Модель «прозвище + -енко» в украинской ономастике одна из самых продуктивных: она создавала фамилии для младших членов рода или для тех, кто не имел наследственного статуса. Поэтому Бербушенко — буквально «сын Бербуша» или «потомок того, кого звали Бербушем».

Географически фамилия редкая. По доступным данным, она встречается в центральных и восточных областях Украины (Черкасская, Полтавская, Днепропетровская) и в прилегающих регионах России, куда переселялись украинские крестьяне и казаки. В списках реестрового казачества XVII века похожих прозвищ не зафиксировано, что говорит скорее о крестьянском, а не о старшинском происхождении рода.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Бербуш, Бербенко, Бербенюк — показывает, что все они образованы от одной основы, но разными суффиксами. Бербушенко — самая «длинная» форма, что может указывать на более позднюю фиксацию фамилии в документах, когда прозвище уже обросло дополнительными словообразовательными элементами.