Фамилия Бердыханова — одна из тех, где за русским суффиксом скрывается тюркское или арабо-персидское имя. Её основа — мужское личное имя Бердыхан, которое состоит из двух частей. Первая, «берды», — это форма от тюркского «берди» (дал, подарил). Вторая — «хан» (властитель, правитель). В сумме имя означает «хан, данный (Богом)» или «дарованный хан». Это типичная для тюркских народов композиция, где глагол в прошедшем времени соединяется с титулом: имя как бы фиксирует факт рождения ребёнка как дара свыше.

Суффикс «-ов» в фамилии Бердыханова указывает на её русское оформление. Это не исконно русская фамилия, а адаптированная: её получили при переписях или переходе в православие потомки человека по имени Бердыхан. В среде татар, башкир или ногайцев такие имена были распространены, а при включении в русскую документацию к ним добавили стандартный патронимический суффикс. Фамилия в женской форме (Бердыханова) закрепилась за дочерьми или жёнами, хотя по происхождению она отчества.

Интересная деталь: в отличие от фамилий с корнем «Берды» (Бердыев, Бердышев), где вторая часть — это часто тюркское прозвище, здесь вторая часть — осознанный титул «хан». Это говорит о том, что носитель имени Бердыхан, вероятно, происходил из семьи, где ценили статусные имена, возможно, связанные с военной или родовой знатью. Встречается и вариант написания через «е» — Бердеханов, но это уже следствие диалектного произношения.

С географической точки зрения фамилия тяготеет к регионам Поволжья и Южного Урала — Татарстану, Башкортостану, Оренбургской области. Встречается и у казахов, где имя Бердыхан бытовало как полноценное, без русского суффикса, а фамилия Бердыханова — результат смешанных браков или русификации в советский период. Сословно предки могли быть как крестьянами, так и служилыми татарами, но точных данных о едином сословии нет — фамилия не элитарная и не крестьянская, а именно «средняя», характерная для тех, кто принял христианство или просто попал под реформы фиксации фамилий в XIX веке.

Корень «Берды» даёт много параллельных фамилий: Бердыев, Бердыгулов, Бердымуратов. Но Бердыханова выделяется тем, что в основе лежит имя, прямо называющее носителя «ханом». Это не прозвище, а скорее пожелание или констатация высокого статуса при рождении.