Фамилия Берковський с суффиксом -ськ- (в русской передаче -ский) указывает на происхождение от географического названия. Это типичная модель для польской, украинской и белорусской шляхты, а также для еврейских ашкеназских фамилий, где суффикс -ский означал «из такого-то места». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от отчества, фамилии на -ский в восточнославянских землях чаще всего давались по названию имения, города или села.

Основа «Берков-» восходит к топониму Берково. Таких сел и деревень с названием Берково немало: в Волынской, Гродненской, Минской, Витебской губерниях, а также в современной Польше (Berkowo). Название села, в свою очередь, скорее всего, происходит от личного имени Берк — краткой формы от Бер (Бернард, Берта) или от еврейского имени Берл (медведь на идише). В польской традиции Берк — уменьшительное от Бернард, в западнорусских землях так могли называть человека, носившего прозвище Берко (от «бер» — медведь или от имени Бернард).

Таким образом, носитель фамилии Берковський — это человек, чей предок владел или жил в местечке Берково. Поскольку такие фамилии часто получали мелкие дворяне (шляхта) при переходе на фамилии по названию своего имения, есть большая вероятность, что предки Берковських были землевладельцами, пусть и мелкими. Однако в XIX веке фамилию могли искусственно присвоить еврейским семьям, проживавшим в местечках с таким названием, или крестьянам после отмены крепостного права — по названию деревни, откуда они родом.

Интересная деталь: в польском языке фамилия пишется через «о» — Berkowski, а украинский вариант Берковський (с апострофом) указывает на мягкость предыдущего согласного. В русской орфографии фамилию часто записывали как Берковский, но украинская форма сохранила патронимический оттенок -ськ-. Встречается и вариант Берківський, но он менее распространён и может указывать на иную локализацию (от Беркив).

Споров вокруг корня «Берк» почти нет: все исследователи сходятся на том, что это либо топоним, либо прозвище от имени. Версия о связи с берковцем (старой мерой веса) маловероятна — такая фамилия звучала бы как Берковец или Берковский, но не Берковський.