Фамилия Берюбаев — редкий пример, где основа неочевидна, а суффиксальная модель говорит о многом. Суффикс -ев указывает на русскую адаптацию фамилии, образованной от имени или прозвища, которое оканчивалось на -а или согласный (в тюркских языках — часто на гласный). Ударение, скорее всего, падает на последний слог — Берюба́ев, хотя в бытовой речи встречаются варианты.

Самая правдоподобная версия связывает основу с тюркским именем Берюбай. Оно составное: «берю» (вариант «бёрю», «бюрю») — «волк» в ряде тюркских языков (карачаево-балкарском, кумыкском, ногайском), и «бай» — «богатый», «хозяин», «господин». Имя Берюбай (Волк-богатырь, Волк-хозяин) — из разряда охранительных или тотемных имён, распространённых у тюркских народов Северного Кавказа и Поволжья. Волк в этой традиции — не столько хищник, сколько сильный, удачливый предок-покровитель. Менее вероятна, но возможна связь с казахским «бөрі» (волк) и суффиксом -бай, что даёт то же значение.

Географически фамилия Берюбаев встречается в основном на юге России — в Ставропольском крае, Кабардино-Балкарии, Карачаево-Черкесии. Это указывает на ногайские или кумыкские корни. В русскую фамилию имя превратилось в XIX — начале XX века, когда при крещении или переписи тюркское имя записывали на русский манер, добавив суффикс принадлежности -ев. Таким образом, Берюбаев буквально означает «сын Берюбая» или «потомок Берюбая».

Редкость фамилии — её особенность. Она почти не встречается за пределами указанных регионов и не попала в массовые списки переселенцев в Сибирь или Центральную Россию. Носители этой фамилии — потомки, скорее всего, не крепостных крестьян, а вольных горцев или казаков, среди которых тюркские имена были обычны до середины XIX века. Вариантов написания, кроме Берюбаев, практически нет — путаница на письме (Берюбаев/Берюбай) возможна, но в документах закрепилась именно эта форма.