Фамилия Бешбаев — один из примеров того, как тюркская лексика проникла в русский именослов, сохранив почти неизменной свою внутреннюю форму. Её основа восходит к словосочетанию «беш баш» — в большинстве тюркских языков (татарском, башкирском, казахском, ногайском) «беш» означает «пять», а «баш» — «голова» или «вершина». Прямое значение прозвища — «пять голов» или «пятиглавый».

Вероятнее всего, такое прозвище давали не за физическую особенность (пять голов — нонсенс), а по двум другим причинам. Первая — военно-родовая: в тюркской среде «бешбаш» могло означать главу пяти родов или отряда из пяти десятков воинов, то есть человека, командовавшего крупным подразделением. Вторая — хозяйственная: так могли назвать владельца пяти домов, пяти очагов или пяти ульев. В любом случае, прозвище указывало на социальный вес и многолюдность подчинённой группы.

Суффикс -ев указывает на русскую адаптацию фамилии. В тюркских языках патроним образовывался бы иначе (например, Бешбаев — это уже «сын Бешбая»). При переносе в русскую среду суффикс -ев закрепил фамилию по модели, знакомой русскому уху: как Иванов или Петров, только от тюркской основы.

Географически фамилия тяготеет к южному Уралу и Западной Сибири. Много Бешбаевых среди башкир и татар, особенно в Челябинской и Оренбургской областях, а также в Башкортостане. Встречается она и у казахов, но там чаще пишется как Бешбайулы (с тюркским патронимическим показателем). Русская форма на -ев — признак того, что предки носителя фамилии жили в зоне активного русско-тюркского контакта и их фамилию записывали по русским документальным стандартам.

Не стоит путать Бешбаева с фамилией Бишбаев (от «биш» — «пять» в киргизском произношении). Разница в первой гласной может указывать на разные диалектные зоны: «беш» — это татаро-башкирский вариант, «биш» — киргизский или алтайский. В остальном механизм образования идентичен.

Фамилия не древняя — она сложилась не раньше середины XVIII века, когда у башкир и татар начали массово фиксировать фамилии для воинского учёта и налогов. До этого прозвище Бешбай существовало в устной форме, не передаваясь по наследству как родовое имя.