Фамилия Бештейнов — один из тех случаев, когда носитель немецкой или еврейской фамилии получил русское окончание, подстроившись под местную грамматику. В чистом виде фамилия звучит как Бештейн, и именно она лежит в основе. Русский суффикс -ов добавился позже, когда фамилию «обрусели»: в документах сына или внука Бештейна записали как Бештейнов, то есть «из рода Бештейна». Такая модель типична для фамилий, которые принесли в Россию иностранные специалисты, купцы или переселенцы в XVIII–XIX веках.

Сама основа Бештейн — это сложное слово. Первая часть, «беш», скорее всего, восходит к немецкому «böse» (злой, сердитый) или к диалектному варианту. Вторая часть, «штейн» (Stein), переводится как «камень». Вместе получается «злой камень» или «сердитый камень». В немецкой ономастике такие прозвища давали либо по характеру (человек твёрдый, неуступчивый, как камень), либо по месту жительства — например, дом у скалы с дурной славой. Возможен и еврейский след: в ашкеназской традиции фамилии на -штейн (Гольдштейн, Бернштейн) часто были искусственными, составленными из двух красивых корней, и «Бештейн» могло означать «лучший камень» (от идиш «бест» — лучший), но это менее вероятно, так как форма «беш» ближе к немецкому «böse».

Географически фамилия привязана к регионам, куда в XVIII веке приглашали немецких колонистов: Поволжье, юг Украины, Прибалтика. Встречается она редко, что говорит о небольшом роде или о том, что фамилия не разошлась широко за пределы одной-двух семей. В дореволюционных записях Бештейнов можно найти среди мещан и купцов, реже — среди крестьян-колонистов.

С точки зрения ударения в русском языке фамилия Бештейнов почти всегда произносится с ударением на второй слог: Беш-те́й-нов. Это логично, так как немецкое Stein даёт долгий «ай», который в русском языке естественно становится ударным. Если встретится вариант с ударением на первый слог (Бе́штейнов), это, скорее всего, местный диалектный перекос или ошибка переписчика.

Таким образом, Бештейнов — это обрусевшая немецкая фамилия, означавшая либо «сын Бештейна», либо «потомок того, кого прозвали Злым камнем». Носитель такой фамилии почти наверняка имеет предков из числа немецких колонистов, осевших в Российской империи, или из еврейских семей, живших в черте оседлости и адаптировавших фамилию под русское окончание.