Фамилия Бейнешев — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор требует осторожности. В ней нет привычного славянского суффикса -ов/-ев, который просто присоединили к основе. Скорее всего, перед нами русифицированная форма тюркской или казахской фамилии, где конечное -ев — это уже русское окончание, указывающее на принадлежность («чей?»). Исходная тюркская основа — Бейнеш.

Само имя Бейнеш (или Байнеш) имеет прозрачную этимологию в казахском и других тюркских языках. Оно восходит к двум корням: «бай» (богатый, знатный, господин) и «неш» (или «неше») — в данном контексте означающее «сколько?», «как много?». Вместе имя Бейнеш можно перевести как «множество богатств», «обильный достаток». Это типичное имя-пожелание, которое давали ребёнку, чтобы привлечь в дом благополучие и изобилие. Встречаются варианты написания Байнеш, Бейнеш, что не меняет сути.

Географически фамилия Бейнешев почти наверняка привязана к территориям расселения казахов, а также, возможно, башкир или татар, где имя Бейнеш было распространено. В дореволюционной России представители кочевых и полукочевых народов при получении паспортов или призыве на военную службу часто получали фамилии по имени отца с добавлением русского суффикса. Так сын человека по имени Бейнеш автоматически становился Бейнешевым.

Одна деталь, которая отличает эту фамилию от многих других: в ней нет географического или профессионального корня. Она не указывает на ремесло (как Кузнецов) или место (как Горский). Это чисто патронимическая фамилия, образованная от личного имени, которое, в свою очередь, было пожеланием. Носитель фамилии Бейнешев — потомок человека, которого нарекли «богатым» или «обильным», и эта характеристика закрепилась за родом уже в русской языковой среде. Встречаемость фамилии крайне низкая, что говорит о её локальном происхождении, вероятно, из одного или нескольких соседних аулов.