Фамилия Бейшанов с большой вероятностью имеет тюркское происхождение, что указывает на её распространение среди народов, говорящих на языках тюркской группы, — от татар и башкир до казахов, киргизов и народов Кавказа. Основа фамилии — мужское имя Бейшан, которое состоит из двух частей: «бей» (господин, князь, правитель) и «шан» (слава, почёт). В дословном переводе это означает «княжеская слава» или «господин почёта», что было типичным для составных имён, подчёркивающих высокий статус или благопожелание.

Модель образования фамилии — классическая для русского языка: к основе Бейшан прибавили суффикс -ов. В XIX–XX веках, при переходе на оседлый образ жизни и ведении метрических книг, многие тюркские народы оформляли свои фамилии по русскому образцу, добавляя этот суффикс к имени отца. Таким образом, Бейшанов буквально означает «сын Бейшана» или «потомок Бейшана». Встречаются и более редкие варианты написания — Бейшанов, Бейшан-оглы (с тюркским патронимическим показателем), но суффикс -ов закрепился в официальных документах.

Географически фамилия чаще всего фиксируется в регионах с тюркским населением: в Башкортостане, Татарстане, в Оренбургской и Челябинской областях, а также в Средней Азии, особенно в Казахстане и Киргизии. Встречается и у кумыков, ногайцев, балкарцев. Спорных версий происхождения немного: некоторые исследователи допускают, что в основе могло лежать не имя, а прозвище от слова «бейшан» в значении «уважаемый, старший», но это лишь сужает значение, не меняя сути.

Сословная принадлежность предков Бейшановых могла быть разной: от рядовых кочевников до мелкопоместной знати. В тюркской среде имя Бейшан нередко давали детям в семьях, где желали подчеркнуть благородство рода, но в документах оно закрепилось как фамильное уже в советское время. В отличие от русских фамилий-прозвищ, Бейшанов не несёт иронии или бытового оттенка — это имя-титул, перешедшее в фамилию.