Фамилия Беюнцин — редкий случай, когда географическая загадка стоит в центре этимологии. Сразу бросается в глаза необычное начало «Беюн-», которое совершенно нехарактерно для славянских корней. Скорее всего, это фамилия тюркского происхождения, адаптированная русской суффиксальной моделью.

Основа «Беюн» восходит к тюркскому слову «бейюн» или «беюн» — в разных диалектах это может означать «княжеский», «господский» или быть вариантом личного имени Байун (от «бай» — богатый, знатный). Суффикс «-цин» в русских фамилиях — явление нетипичное. Обычно мы видим «-ин» (от основ на -а/-я) или «-ский». Здесь «-цин» может быть искажённым при переносе на русскую почву окончанием тюркского притяжательного падежа или результатом народной переработки: первоначальное «Беюн-оглы» (сын Беюна) могло превратиться в «Беюнцин» под влиянием русских фамилий на «-ин».

Вероятнее всего, предок носителя этой фамилии был выходцем из Поволжья, Приуралья или Северного Кавказа — регионов, где веками соседствовали тюркские и русские общины. Фамилия могла закрепиться за татарином, башкиром или представителем другого тюркского народа, который перешёл на русский язык и получил фамилию по отцу: «сын Беюна» превратилось в «Беюнцин» — то есть «принадлежащий к роду Беюна». В метрических книгах XIX века подобные фамилии нередко записывали «на слух», отчего возникали вариации вроде Беюнкин, Беюнцев или Беюнский.

Прозвище или имя Беюн в тюркской среде могло даваться человеку знатного происхождения или просто с чувством собственного достоинства. В некоторых говорах «беюн» — это ещё и «господин, хозяин», так что фамилия могла закрепиться за приказчиком или зажиточным крестьянином.

Сословно Беюнцины, скорее всего, относились к государственным крестьянам или мещанам — дворянских родов с такой фамилией в официальных родословных книгах не зафиксировано. Сегодня фамилия встречается единично, в основном в центральной России и на Урале, что подтверждает её локальное происхождение от конкретного рода, а не массовое распространение.