Фамилия Бифукисиц — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с произношением, и это сразу даёт ключ к её происхождению. Фамилия явно не славянская, а балтийская, точнее — латышская или латгальская. Она образована по типичной для латышского языка модели: основа + патронимический суффикс -иц (-īts в латышской орфографии, на русский передаётся как -иц или -ич). Суффикс -īts в латышском языке указывает на принадлежность, родство, то есть буквально «сын такого-то» или «потомок». Таким образом, Бифукисиц — это «сын Бифукиса» или «из рода Бифукисов».

Основа фамилии — Бифукис — скорее всего, восходит к личному имени или прозвищу. В латышской ономастике встречаются фамилии с корнем Bif- или Bīv-, но Бифукис — форма нестандартная. Можно предположить, что в основе лежит уменьшительно-ласкательное или диалектное имя от более распространённого, например, от Bīviņš или Bīvulis. Второй компонент -укис (в латышском -uks, -ukis) — тоже характерный уменьшительный суффикс, так что имя Бифукис могло означать «маленький Биф» или «Биф-младший». Получается, что фамилия Бифукисиц — это «внук» или «потомок того, кого звали Бифукис», то есть тройное патронимическое образование: имя → уменьшительное → отчество.

Географически фамилия тяготеет к восточной Латвии (Латгалия) и к историческим латышским общинам на территории бывшей Российской империи. В России и Беларуси такие фамилии на -иц встречаются среди потомков латышских переселенцев конца XIX — начала XX века, когда латыши массово переезжали в Сибирь, на Дальний Восток и в центральные губернии. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами, так как латышские фамилии этого типа в основном закрепились в крестьянской среде после отмены крепостного права в Лифляндии и Курляндии в 1819 году.

В русском языке фамилия не склоняется по падежам в мужском роде (Бифукисиц, Бифукисица и т.д.) и не изменяется в женском (Бифукисиц). Ударение, вероятно, падает на второй слог — Бифу́кисиц, что соответствует латышскому ударению на первый слог основы. Встречаются варианты написания: Бифукиситс, Бифукисис, Бифукиц, но форма с окончанием -иц наиболее русифицированная.