Фамилия Блюер — редкий случай в русском ономастиконе. Сразу заметно, что она не вписывается в привычные модели русских фамилий: нет типичных суффиксов -ов, -ин, -ский, нет окончания на -ой или -их. Это наводит на мысль о заимствовании, и скорее всего, перед нами немецкая или еврейская фамилия, адаптированная русским языком.

Самая прямая версия — происхождение от немецкого слова Blüher. В основе лежит глагол blühen — «цвести». Blüher — это тот, кто цветёт, либо прозвище цветущего, румяного человека, либо метафорическое имя для жизнерадостного, процветающего человека. В немецкой ономастике есть и фамилия Blüher, и Blühert. Если предки носителя фамилии были выходцами из немецких колоний в Российской империи (Поволжье, Причерноморье, Петербургская губерния), то фамилия могла писаться как Блюер или Блюэр — через «е» или «э» на слух.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная — связь с еврейской фамилией Блюер. В идише «блу» (blu) — синий, а суффикс -ер мог указывать на профессию: красильщик в синий цвет, торговец синей краской (индиго). Однако в еврейской антропонимике чаще встречаются фамилии Блюм, Блюменталь, а Блюер — скорее единичный вариант.

Важно и написание: в дореволюционных документах фамилию могли фиксировать как «Блюеръ» или «Блюэръ». Встречается она крайне редко, в основном в центральных губерниях и в Сибири, куда ссылали немецких колонистов. Носители фамилии, если они русские по языку и культуре, почти наверняка имеют немецкие корни, уходящие в XVIII–XIX века. Фамилия не переводится на русский язык буквально, поэтому её этимология остаётся прозрачной только для знающих немецкий.