Фамилия Бобовские (в мужском роде — Бобовский) образована по типичной для украинских и польских фамилий модели: к основе прозвища Бобок прибавили суффикс -овск-, указывающий на принадлежность роду или месту. В основе прозвища лежит слово «боб» — не только сам стручковый плод, но и любое зернышко фасоли или гороха. Прозвище Бобок могли дать человеку с мелкими чертами лица, смуглому, либо тому, кто любил бобовые блюда или торговал ими.

По другой версии, фамилия могла быть топонимической — от названия населенного пункта вроде Бобово, Бобовка или Бобов (такие села есть в Украине, Беларуси и Польше). В этом случае Бобовские — это дворяне или крестьяне, владевшие землей или жившие в таком месте.

Среди однокоренных фамилий — Бобков, Бобов, Бобок. Форма на -ский в прошлом часто указывала на более высокое социальное положение: в Речи Посполитой такие фамилии носили шляхтичи, а в Российской империи — духовенство и разночинцы. Однако Бобовские могли быть и мещанами: фамилия встречается в метриках Волынской, Киевской и Подольской губерний.

О точном времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс её закрепления растянулся на несколько веков. Ясно одно — Бобовские оставили свой след в славянской ономастике как пример живой связи между бытовым прозвищем и родовым именем.