Фамилия Боджгуен — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано со славянскими корнями. Чтобы понять её, нужно отбросить привычную модель «Иван → Иванов» и обратиться к восточным языкам. Скорее всего, перед нами фамилия, принесённая в Россию из регионов Северного Кавказа или Закавказья.

Основу фамилии составляет личное имя или прозвище Боджгу. В тюркских и кавказских языках элемент «бодж» или «боч» может означать «пустой», «полый» или быть частью сложного имени. Однако более вероятна связь с армянским или тюркским антропонимом, где «Бодж» — это вариант имени или прозвища, а «гуен» — суффикс, указывающий на принадлежность. В армянском языке, например, суффикс «-ян» (в русской передаче часто «-ен») означает «из рода такого-то», «сын такого-то». Таким образом, Боджгуен — это «из рода Боджа», «сын Боджа». Фамилия могла образоваться от имени Бодж (возможно, сокращение от более длинного имени) или от прозвища, данного по внешности или занятию.

Вторая версия, менее распространённая, но возможная, — это адаптация фамилии из крымскотатарского или ногайского языков, где «бодж» могло означать «старшина», «глава рода». В таком случае носители фамилии могли быть потомками уважаемого человека, старейшины. Написание с «г» перед «у» (Боджгуен, а не Боджуен) может указывать на твёрдое произношение в исходном языке, характерное для некоторых диалектов.

Географически фамилия Боджгуен встречается в основном на юге России, особенно в Краснодарском крае и Ставрополье, а также среди армянских общин. Встречаются варианты написания: Боджгоен, Боджуен, Боджян. Сама фамилия не попала в классические дореволюционные справочники дворянских родов, что говорит о её происхождении из крестьянской, мещанской или казачьей среды, часто — из переселенцев с Кавказа. Искать её корни в древнерусских прозвищах вроде «Бодяга» или «Бодрый» ошибочно: фонетика «дж» и окончание «-ен» выдают иноязычное происхождение.