Фамилия Богольницкая — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает любую другую версию происхождения. В русской ономастике суффикс -ицк-ий/-ицк-ая почти всегда указывает на топонимическое происхождение: такую фамилию получали выходцы из конкретного села, местечка или усадьбы с названием на -ицы или -ицк. Исходная точка здесь — Богольница или Богольницы. Где именно находился этот населенный пункт, сегодня сказать трудно: в современных справочниках такое название не значится, но оно могло существовать в западных губерниях Российской империи, особенно на территории современной Беларуси или Украины, где подобные топонимы встречались чаще.

В основе названия лежит слово «бог» — не в прямом религиозном значении, а как часть сложного прозвища или указания на принадлежность. Вероятнее всего, Богольница — это местность, связанная с человеком по прозвищу Боголь (уменьшительная форма от имени Богдан или Боголеп) либо с каким-то объектом, освященным или посвященным божеству. Вариант с польским влиянием тоже возможен: в польских говорах «bogol» могло означать «богач» или «богомолец», и тогда Богольница — «место богача» или «богомольное место».

Суффикс -ская/-цкая в женской форме Богольницкая закрепился в дворянской и мещанской среде, но не обязательно указывает на высокое происхождение. В XIX веке такие фамилии активно давали священникам и их детям, а также крестьянам, переселившимся в город и записанным по месту прежнего жительства.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Боголепов, Боголюбов, Богословский — подтверждает: все они образованы от основ с корнем «бог», но Богольницкая стоит особняком благодаря топонимическому суффиксу. Если Боголепов или Богословский прямо указывают на качество или чин, то Богольницкая — это «человек оттуда, из Богольницы». Фамилия сохранила редкую словообразовательную модель, которая в русском языке почти исчезла к началу XX века.

Носителей фамилии сегодня немного, и встретить её можно преимущественно в Украине и южных областях России, что косвенно подтверждает западное происхождение. Точной даты первого упоминания нет, но по типу образования фамилия могла сложиться не раньше XVII века, когда топонимические фамилии на -ский/-цкий стали массово фиксироваться в документах.