Фамилия Боханченко — яркий пример украинской модели фамилиеобразования, которая не имеет прямых аналогов в великорусской традиции. Её основа — прозвище или имя Бохан, а суффикс -енко (уменьшительно-патронимический, характерный для Левобережной и Степной Украины) указывает на то, что носитель — потомок человека по прозвищу Бохан. Словообразовательная цепочка проста: Бохан → Боханченко (буквально «маленький Бохан» или «сын Бохана»).

Куда сложнее с происхождением самого корня «Бохан». Здесь нет единого мнения, и ономасты предлагают несколько версий. Первая и наиболее логичная — от слова «бохан» (или «бахан») в южнорусских и украинских говорах. Так называли круглый хлеб, каравай, буханку. В таком случае прозвище мог получить пекарь, хлеботорговец или просто любитель хлеба, а также человек с круглым, полным лицом. Вторая версия ведет к тюркскому «бахан» — «богатый, знатный»; в этом случае прозвище могло быть дано зажиточному крестьянину или казаку. Третья, менее вероятная, но встречающаяся в народной этимологии — от имени Богдан через сокращение «Бог» → «Бох», но это спорно, так как форма «Бохан» как самостоятельное имя не фиксируется в святцах.

Важно отметить, что фамилия Боханченко — не дворянская. Она типична для крестьянского и казачьего сословия, особенно для территорий современной Черниговской, Полтавской, Сумской областей и прилегающих земель бывшей Гетманщины. В реестрах запорожских казаков встречаются прозвища Бохан, Боханенко, что подтверждает казачью среду бытования. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые в Украине часто калькировались с русских образцов, форма на -енко сохранила исконно украинский колорит и указывает на происхождение из среды, где патронимические фамилии передавались по отцу, а не по деду.

Редкость фамилии Боханченко (по сравнению с Бондаренко или Шевченко) объясняется тем, что её основа — не массовое ремесло, а либо кулинарное прозвище, либо локальное тюркское заимствование. Встречаются варианты написания: Баханченко (через «а» — результат аканья или диалектного произношения) и Бохаченко (с утратой «н»). Все они — однокоренные, и при поиске предков стоит учитывать эти колебания в документах XIX века.