Фамилия Болгаченко, при всей своей звучности, чаще всего не говорит о болгарских корнях её носителей. В основе лежит не этноним «болгарин», а производное от него прозвище Болгач. Так на юге России и Украине могли назвать человека, который торговал с болгарами, вернулся из болгарских земель или просто обладал смуглой внешностью, напоминавшей южанина. В казачьей среде прозвища по народам и соседям были обычным делом: Болгач, Сербин, Турок.

Ключевая особенность — суффикс -енко. В украинской и южнорусской антропонимии он означает «маленький», «сын» или «потомок». То есть Болгаченко — буквально «сын Болгача». Такая модель была типична для Гетманщины и Слобожанщины в XVII–XVIII веках. Фамилия закрепилась в среде казаков и крестьян, а не дворянства, что подтверждает её «бытовое» происхождение.

В написании есть нюанс. В дореволюционных метрических книгах фамилию могли записать и как Болгаченко, и как Болгаченков. Второй вариант — русифицированная форма, когда украинский суффикс заменили на русский -ов. Это говорит о том, что предки жили на границе ареалов двух фамильных моделей — где-то в Воронежской, Курской губерниях или на Кубани.

Встречается и редкая параллельная форма с другим ударением — Болга́ченко (на второй слог). Она могла возникнуть, если прозвище произошло не от «болгарин», а от глагола «болга́чить» — говорить невнятно, бормотать, что в некоторых говорах означало «говорить на чужом языке». Но эта версия менее распространена.

Сейчас фамилия чаще всего встречается в Краснодарском крае, Ростовской области и на востоке Украины — именно там, где оседали запорожские и черноморские казаки, в среде которых такие прозвища и фамилии были нормой.