Фамилия Бомите — редкий пример фамилии, которую можно разобрать, только если знать, откуда родом её носители. На слух она звучит как заимствованная, и это верное предположение: в русской ономастике корня «бом-» в значении прозвища или имени почти нет, зато он характерен для западноевропейских языков.

Скорее всего, фамилия имеет итальянское или французское происхождение. В итальянском «bomito» — это уменьшительное от «buono» (хороший, добрый), либо топонимическая основа: на севере Италии встречаются местечки с корнем «Bom-» (например, Бомито). Во французском языке фамилия могла возникнуть от прозвища «bon miteur» — «добрый сеятель» или «хороший хозяин», которое со временем редуцировалось до «Bomite». Суффикс «-ит» (или «-ite») в европейских фамилиях часто указывает на уменьшительную форму или на принадлежность к местности.

Если фамилия встречается в русскоязычной среде, то она, скорее всего, обрусевшая форма исходной иноязычной фамилии. В XIX — начале XX века в Россию переселялись итальянские ремесленники, архитекторы и артисты, а также французские гувернёры и мастера. Фамилию могли записать на слух, упростив произношение. Например, итальянское «Bomiti» или французское «Bomité» в русских документах превратилось в «Бомите» без окончания, как это часто делали с иностранными фамилиями.

Другая, менее вероятная версия — искусственное происхождение. В советское время встречались случаи, когда люди меняли фамилии на благозвучные или интернациональные, заимствуя слоги из разных языков. Но в этом случае «Бомите» — скорее исключение, чем правило: искусственные фамилии обычно были более понятными (типа «Октябрьский»).

Однокоренных русских фамилий у «Бомите» нет. Если искать аналоги, то по звучанию и модели образования ближе всего фамилии типа «Боните» (от итал. «buono») или «Бомонт» (французское «belle montagne» — красивая гора). Но «Бомите» стоит особняком — это яркий пример того, как фамилия-путешественница попала в другой язык и осталась в нём почти без изменений.